A cidade tem duas estações distintas. A seca (verão) vai de junho a novembro, com sol intenso e temperatura elevada, em torno dos 38 graus - em setembro, os termômetros chegam fácil aos 40. Já a chuvosa (inverno) ocorre entre dezembro e maio, período em que a temperatura mostra-se mais amena, com chuvas freqüentes.
A melhor época para curtir igapós, igarapés, cachoeiras e praias fluviais é no mês de agosto. Apesar do calor, a seca ainda está no início e há bastante água nos rios e cachoeiras. Em Ponta Negra, a faixa de areia só aparece entre agosto e janeiro. Durante todo o ano são comuns as pancadas de chuva de pouca duração.